Jana Horvat je že z magistrsko študijo o antičnemu Navportumu dokazala, da se zaveda izzivov slovenske antične arheologije. S tem je nadaljevala v doktorski disertaciji z analizo ostankov zgodnjerimskega naselja na Serminu pri Kopru, s katero je osvetlila procese romanizacije v severozahodni Istri. V naslednjih letih je svoj raziskovalni interes razširila na proces romanizacije v jugovzhodnih Alpah in značilnosti poselitve ter urbanizacije v rimski dobi v prostoru med severnim Jadranom in Panonijo. Poleg naštetega kaže izpostaviti tudi njeno dolgoletno ukvarjanje z antično Poetoviono, pri čemer je v poglobljene študije arheološke materialne kulture in tudi v terensko delo pogosto vključevala specialiste drugih strok. Tudi sicer se je Jana Horvat z leti uveljavila kot ena osrednjih strokovnjakinj slovenske antične arheologije v domačih in tujih strokovnih krogih. Njeni znanstveni dosežki so prispevali k večji prepoznavnosti matičnega Inštituta za arheologijo ter celotnega ZRC SAZU kot osrednje slovenske humanistične ustanove.
