Po diplomi iz primerjalnega slovanskega jezikoslovja ter slovenskega jezika in književnosti na Filozofski fakulteti Univerze v Ljubljani je leta 2007 tam tudi doktoriral, študijsko pa se je izpopolnjeval v Leipzigu, Bonnu in Vilni. Njegovo raziskovalno in pedagoško delo je razpeto med Dialektološko sekcijo Inštituta za slovenski jezik Frana Ramovša in Katedro za primerjalno slovansko jezikoslovje Oddelka za slavistiko na Filozofski fakulteti Univerze v Ljubljani.
Šeklijevo raziskovalno delo je usmerjeno v primerjalno slovansko jezikoslovje, zgodovinsko slovnico in narečjeslovje (dialektologijo) slovenskega jezika.
V njegovem opusu posebno mesto zavzemajo njegove tri monografije: Zemljepisna in osebna lastna imena v kraju Livek in njegovi okolici (2008), Primerjalno glasoslovje slovanskih jezikov: od praindoevropščine do praslovanščine (2014) in Tipologija lingvogenez slovanskih jezikov (2018). Omeniti velja še visokošolski učbenik Primerjalno glasoslovje slovanskih jezikov: od praslovanščine do posameznih slovanskih jezikov.
V zadnjih letih je nase še posebej opozoril z interpretacijo števnikov, ki so bili nedavno odkriti v t. i. Heiligenkreuškem rokopisu iz druge polovice 12. stoletja, s čimer je potrdil, da gre za zgodnjo slovenščino.
