Simona Kralj-Fišer na Biološkem inštitutu Jovana Hadžija ZRC SAZU vodi temeljni raziskovalni program Biodiverziteta: vzorci, procesi, predikcije in ohranjanje, v okviru katerega potekajo dolgoročne raziskave biotske pestrosti. Pri tem se opirajo na integrativne in interdisciplinarne pristope, ki vključujejo najsodobnejšo tehnologijo, med drugim tudi strojno učenje. Je vodja prebojnega projekta Spolno specifični materinski učinki: metodološke in podatkovne osnove za raziskovanje ekstremne spolne velikostne dvoličnosti. S kombiniranjem klasičnih in najsodobnejših metod, kot so načrtovano gojenje, kvantitativna genetika, genomika, transkriptomika, epigenetika in mikrobiologija, raziskuje razlike med spoloma in spolno dvoličnost pri pajkih. Pod njenim vodstvom trenutno nastaja eden prvih referenčnih genomov v slovenski znanosti. Poleg uvajanja novih vsebin in metodologij s tem projektom sodeluje s strokovnjaki na omenjenih področjih doma in v tujini. Simona Kralj-Fišer kot predavateljica prenaša znanje na mlajšo generacijo na Podiplomski šoli ZRC, kjer je odigrala ključno vlogo pri snovanju programa in akreditaciji magistrskega ter doktorskega študija, in na Univerzi na Primorskem, na kateri je pred kratkim izšel njen učbenik Od genov do vedenja in naprej.
