Na Geografskem inštituta Antona Melika, kjer je dr. Matej Gabrovec zaposlen od sredine osemdesetih let, se ukvarja pretežno z geografijo prometa, s poudarkom na javnem potniškem prometu. Njegovo izjemno poznavanje problematike mu v povezavi z uporabo geografskih modelov in geografskih informacijskih sistemov (GIS) omogoča, da so njegovi predlogi vedno korak pred časom. Pomen javnega prometa za višjo kakovost življenja je tako poudarjal že dolgo, preden so se pojavile zahteve po zmanjševanju ogljičnih izpustov.
Pomemben je tudi njegov prispevek pri raziskavah spreminjanja rabe in pokrovnosti zemljišč. Vzpostavil je podatkovno zbirko rabe zemljišč v Sloveniji skozi različna zgodovinska obdobja, ki je edinstvena na svetovni ravni.
Pri najdlje trajajočem slovenskem raziskovalnem projektu, spremljanju Triglavskega ledenika in Ledenika pod Skuto, so po njegovi zaslugi uvedli nove znanstvene metode, recimo analizo z georadarjem. Prvi doslej je preučeval pomen osončenosti za stanje ledenika in za celotno slovensko ozemlje. Te raziskave so izjemna podlaga za možnost razvoja sončnih elektrarn.
Matej Gabrovec deluje tudi v regionalni geografiji, kjer gre poudariti njegov prispevek na področju zemljepisnih imen.
Je aktiven v številnih stanovskih združenjih, nosilec številnih aplikativnih in tržnih projektov, deluje kot mentor mladim raziskovalcem. Nasploh velja opozoriti na njegovo izjemno zavzetost za posredovanje znanja mlajšim kolegom in širši javnosti, pa tudi sodelovanje in povezovanje z drugimi strokami.
