Dr. Janja Kogovšek je na Inštitutu za raziskovanje krasa kot strokovnjakinja kemijskih ved odprla novo raziskovalno področje, ki je bistveno izboljšalo razumevanje vloge kemijskih procesov pri razvoju kraških pojav in oblik. Na njeno pobudo so na inštitutu uredili laboratorij, ki ga je vodila do upokojitve in ki je omogočil stalno povezovanje terenskih in laboratorijskih meritev. Mednarodno se je uveljavila z vodenjem projekta o spremljanju širjenja škodljivih snovi v krasu s sledili in modeli. Prispevala je k uvedbi novih tehnik sledenja voda kot ene izmed najpomembnejših raziskovalnih metod v kraški hidrologiji. Osrednji del raziskovalne kariere pa je Janja Kogovšek posvetila t. i. vadozni coni kraških vodonosnikov. Več let je gradila študijski poligon v rovih Postojnske jame in na površju nad njo. Začela je v zgodnjih osemdesetih, ko so na kapnikih v jami opazili sledove onesnaženja, po njeni zaslugi pa so z analizo curkov prenikle vode potrdili onesnaženje oziroma s sledilnimi poskusi izsledili vire onesnaženja na površju. Izpostaviti velja tudi njene raziskave kitajskega krasa v provinci Junan, kjer je že ob prvem daljšem obisku sredi 90. let pridobila osnovne podatke o kemijskih značilnostih tamkajšnjih kraških voda.
